Nouvelle mission d'enquête sur le Cortex pour localiser le supercalculateur qui génère le territoire, où William, Yumi, Odd et Aelita affontent les Ninjas. Pendant ce temps, Ulrich reste au lycée car il s'est brouillé avec Yumi à cause d'un texte où elle le décrit. Au retour du groupe sur Lyoko, ils découvrent qu'un Ninja les a suivis sur Lyoko.