Der Infinite Stratos kann nur von Frauen gesteuert werden. Doch es gibt eine Ausnahme. Ichika Orimura, der aus irgendeinem Grund als einziger Mann einen IS steuern kann, wird auf die IS-Akademie geschickt, um dort eine Pilotenausbildung zu unterlaufen. Die gesammelte Aufmerksamkeit seiner Mitschülerinnen, die aus unterschiedlichen Ländern stammen, macht Ichika mitunter sprachlos.