Balto och hans son Kodi upptäcker att ny teknologi hotar slädhundsteamets framtid eftersom flygplan blivit ett snabbare alternativ för leverans av post och varor till staden Nome (i Alaska). Därför arrangeras en postutdelningstävling mellan Baltos slädteam och en pilot vars flygplan fascinerar Balto. När piloten Duke aldrig kommer fram till målet gläds en del hundar över att deras överlägsenhet bevisats men Balto förstår att något gått snett. Balto får hjälp av Muc och Luc att bege sig på räddningsuppdrag för att återfinna Duke, Boris och det försvunna planet.